המדינה הגישה לבג"ץ כתב תשובה בהתאם לצו על-תנאי שהוצא בעתירה נגד מינויו של אל"מ הרב אייל קרים לרב הצבאי הראשי בצה"ל. כתב התשובה נתמך בתצהירו של הרמטכ"ל, רא"ל גדי אייזנקוט, וצורפו אליו גם תצהיר מטעם אל"מ הרב קרים, ובו התייחסות מפורטת, כפי שביקש בית המשפט, לאמירותיו כאזרח מלפני 14 שנים.

הרב קרים מתייחס בתצהירו לאמירותיו בכל אחת מהסוגיות שנזכרו בעתירה, ומפרט את עמדתו ההלכתית והערכית. את תצהירו פותח הרב קרים באמירה שטעה כאשר השיב בקצרה ובתמצית על שאלות מורכבות שיש בהן יותר מעמדה הלכתית אחת, וכן שטעה כשלעיתים לא ניסח את דבריו באופן מדויק והיו מי שנפגעו מהם. "על פגיעה זו כבר כתבתי ואמרתי שהנני מתנצל בפה מלא", נאמר בתצהיר. בנוסף, מציין הרב קרים כי חלק מהדברים נאמרו במסגרת דיון תיאורטי בהבנת פרשייה בתורה, שיישומם במציאות המודרנית בצה"ל מופרך מן היסוד. הוא מצטט מדברי שופט ביהמ"ש העליון בדימוס, מנחם אלון ז"ל, מהם הוא למד כי ככלל חובה לדון בכל מקורות התורה וההלכה, אך בה בעת להסיק לימינו ולשעתנו את המסקנות הנכונות. את תצהירו הוא מסיים בכך שעמדתו והשקפתו היא "שיש לנהוג כלפי כל אדם באשר הוא באופן שוויוני, מכבד ומקרב, ללא קשר לדתו, מוצאו, מינו או נטייתו".

המדינה מציינת בכתב התשובה, כי הרמטכ"ל קרא את האמור בתצהירו של הרב קרים, ואף שוחח עימו בעבר לאחר שנודע לו דבר קיומן של אותן אמירות. "הרמטכ"ל השתכנע בשעתו, והוא סבור כך גם כעת, ואף ביתר שאת, כי הרב רואה עימו עין בעין את תפקידה של הרבנות הצבאית וכי עשייתו ופעולתו במהלך העשור האחרון מבטאות גישה ממלכתית ראויה, המבקשת לקרב וללכד בין כלל המשרתים בצה"ל ולהתחשב ברגשותיהם". גם לנוכח האמור בתצהירו של הרב קרים, המדינה חוזרת על עמדתה שלפיה דינה של העתירה להידחות.

המדינה שבה על עמדתה, לפיה שיקול הדעת הנתון לרשות בהחלטתה למנות אדם לתפקיד בשירות הציבורי הוא רחב מאוד, ותחום ההתערבות בו הוא צר ושמור למקרים קיצוניים וחריגים בלבד. דברים אלה נכונים ביתר שאת בכל הנוגע להחלטות הרמטכ"ל בעניין מינויים בצה"ל. אופן הפעלת שיקול דעת הרמטכ"ל בעניין מינוי הרב קרים, כמו גם ההחלטה שלא לחזור בו מהמינוי, ואישורו ע"י שר הביטחון היו ועודם סבירים וראויים, ואינם מקימים עילה להתערבות בית המשפט.